Las aplicaciones de dinámica molecular son particularmente aptas para la arquitectura de procesamiento paralelo masivo de las GPUs NVIDIA. En los gráficos siguientes, se destaca el trabajo realizado sobre VMD y otras aplicaciones de dinámica molecular como NAMD y HOOMD.
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| Implantación de iones en VMD Stone, Phillips, Hardy, Schulten |
HOOMD en 1 GPU supera el rendimiento de 16 núcleos de CPU al ejecutar LAMMPS Anderson, Lorenz, Travesset |
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Descarga de aplicaciones de dinámica molecular para CUDA
- NAMD / VMD
- HOOMD: programa de simulación de modelos de dinámica molecular (Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics)
- MDGPU
- GPUGrid.net
- LAMMPS (en preparación)
- GROMACS (en preparación)
- AMBER (en preparación)
Publicaciones técnicas sobre dinámica molecular computacional basada en CUDA
